《究极忍者之时空王座》大战毁灭了世界,将忍界毁灭成了碎片,仙人们用最后的力量打开了时空之门,希望能够穿越时空改变历史;然而时空之门出现了问题,使忍界碎片散落到世界各地,没有仙人之力保护的忍者们也被吸入时空之门,导致时空错乱;玩家扮演被吸入时空之门的忍者,游历忍界,一路上击败各色忍者,收集忍界碎片,拯救忍界!